במהלך השימוש במשאבת הבאר העמוקה, מדי פעם תהיה תפוקת מים לא מספקת, ללא תפוקת מים והרמה נמוכה. אז מה הסיבה למצב זה?
ישנן שלוש סיבות לתפוקת המים הבלתי מספקת של משאבת הבאר העמוקה: פני המים נמוכים מדי, הפער בקטע המשאבה גדול מדי והאימפלר פגום.
אם מפלס המים נמוך מדי ונפח המים אינו מספיק, מומלץ להחליף את משאבת הבאר העמוקה במשאבה אחרת בעלת שלבים נוספים, ולהגדיל כראוי את צינור המשאבה וציר ההינע בהתאם לקצב הזרימה של הבאר העמוקה. תפוקת המים הנדרשת של המשאבה.
תפוקת מים לא מספקת עשויה לנבוע גם מהמרווח המוגזם בקטע המשאבה, וניתן לכוונן את המרווח הצירי של האימפלר בשלב זה.
אם האימפלר פגום, הפתרון הטוב ביותר הוא להרים את חלק המשאבה החוצה כדי להחליף את האימפלר.
אז מה אם המנוע פועל ומשאבת הבאר העמוקה לא מייצרת מים? ראשית, אם המשאבה לא יכולה לספוג מים בגלל מפלס המים נמוך מדי, הפתרון בשלב זה הוא הוספת צינור משאבה וציר הנעה. שנית, אם מסנן המים חסום, הרם את משאבת הבאר העמוקה אל מחוץ לבאר, נקה את הסתימה של מסנן המים והתקן אותו מחדש. אם חלק משאבת המים משתרע רחוק מדי לתוך הבאר העמוקה, שיטת הטיפול היא להעלות את חלק משאבת המים בצינור משאבה אחד או שניים.
ישנן שתי סיבות להרמה הלא מספקת של משאבת הבאר העמוקה. האחד הוא שהפער בקטע המשאבה גדול מדי, והשני הוא שהאימפלר פגום. הראשון יכול להרים את חלק משאבת המים ולהתאים את המרווח הצירי של האימפלר, בעוד שהאחרון יכול להרים את חלק משאבת המים ולהחליף את האימפלר!