משאבות הניקוז המשמשות במבנים כוללות משאבות ביוב טבולות, משאבות ביוב טבולות, משאבות ביוב אנכיות ומשאבות ביוב אופקיות.
בשל גודלו הקטן של המבנה ונפח הניקוז הנמוך, ניתן להעדיף לניקוז משאבות ביוב טבולות ומשאבות ביוב תת-מימיות. משאבות ביוב תת-מימיות משמשות בדרך כלל במקומות חשובים; משאבות ביוב אנכיות ואופקיות דורשות יסודות בידוד סיסמיים, יניקה עצמית ותופסות כמות מסוימת של מקום, כך שהן פחות נפוץ בבניינים.