העיקרון של בחירת משאבת מים הוא התאמה לשינויים בקצב הזרימה תוך עמידה בקצב זרימת הניקוז המקסימלי, השגת השקעה נמוכה, צריכת חשמל נמוכה, עלויות תפעול נמוכות, פעולה בטוחה ואמינה ותחזוקה וניהול נוחים.
ראש תחנת משאבת ביוב הוא בדרך כלל קטן. כאשר זרימת הביוב אינה גדולה וחדר המשאבות קבור עמוק, ניתן לבחור משאבת ביוב צנטריפוגלית אנכית; כאשר עומק הקבורה של חדר המשאבות אינו גדול, ניתן לבחור משאבת ביוב צנטריפוגלית אופקית; כאשר קצב הזרימה גדול, ניתן לבחור משאבת זרימה מעורבת או משאבת זרימה צירית. כיום, משאבות ביוב טבולות יושמו בהנדסת ניקוז. משאבת הביוב הטבולה מנירוסטה משלבת את משאבת המים והמנוע החשמלי לעבודה מתחת למים יחד. יש לו מבנה פשוט, התקנה קלה ומבנה חדר משאבות
בשל המבנה הפשוט והעלות הנמוכה של תחנות שאיבה, יש לתת עדיפות למשאבות טבולות לביוב בבחירת משאבות מים.
מפלס המים במיכל האיסוף משתנה לעיתים קרובות, מה שגורם לשינויים בראש משאבת המים במהלך הפעולה. לכן, משאבת המים שנבחרה צריכה לפעול בקטע בעל יעילות גבוהה בטווח השינויים במפלס המים במיכל האיסוף. כאשר נבחרות שתי משאבות צנטריפוגליות ביוב או יותר לפעולה מקבילה בתחנת שאיבת ביוב, יש להקפיד שהמשאבות לא יפעלו רק במקטע היעילות הגבוהה כאשר פועלים במקביל, אלא גם בקטע היעילות הגבוהה כאשר פועלים כ. משאבה אחת. יש לבחור באותו דגם של משאבת מים, עם מינימום של 2 יחידות ולא יותר מ-8 יחידות. כאשר קצב הזרימה משתנה באופן משמעותי, ניתן להגדיר מפרטים שונים של משאבות מים, אך לא יותר משניים, או להשתמש בהתקני בקרת מהירות בתדר משתנה, או להשתמש במשאבות מים עם זוויות התקנת להב מתכווננות.
תחנת משאבת הביוב צריכה להיות מצוידת ביחידות. כאשר מספר המשאבות הפועלות אינו עולה על 4, יחידת ההמתנה צריכה להיות 1; כאשר מספר המשאבות הפועלות אינו פחות מ-5, יחידת ההמתנה צריכה להיות 2; כאשר ישנן 2 יחידות גיבוי בתחנת המשאבה הטבולה, ניתן להשתמש באחת לגיבוי באתר ואחת לגיבוי מלאי.
קצב הזרימה של תחנות שאיבת ביוב עולה בהדרגה עם הבנייה השלבית של מערכת הניקוז, ויש לקחת בחשבון גורם זה בתכנון.