משאבת הבאר העמוקה מורכבת בעיקר משלושה חלקים: החלק העליון הוא המנוע החשמלי, החלק האמצעי הוא צינור אספקת המים והקצה התחתון של פיר ההולכה הוא החלק העובד של משאבת הבאר העמוקה, אשר שקועה מתחת לשקע המים. משטח היטב.
ניתן לחלק משאבות באר עמוק למשאבות צנטריפוגליות אנכיות רב-שלביות מפולחות. על פי המאפיינים המבניים של משאבות באר עמוק, שימוש נכון ופתרון תקלות בזמן הם חיוניים להבטחת פעולה בטוחה של משאבות באר עמוק ולהארכת חיי השירות שלהן.
לפני הפעלת משאבת הבאר העמוקה, יש למלא את צינור היניקה והמשאבה בנוזל. לאחר הפעלת המשאבה, האימפלר מסתובב במהירות גבוהה, והנוזל שבתוכו מסתובב יחד עם הלהבים. תחת פעולת הכוח הצנטריפוגלי, הוא עף מהאימפלר ונפלט החוצה. הנוזל שנפלט מאט בהדרגה בתא הדיפוזיה של מעטפת המשאבה, עולה בלחץ ואז זורם החוצה משקע המשאבה ומצינור הפריקה.
בשלב זה, נוצר אזור בלחץ נמוך של ואקום במרכז הלהב עקב השלכת הנוזל לעבר הסביבה, שאין בה לא אוויר ולא נוזל. הנוזל בבריכת הנוזל זורם למשאבה דרך צינור היניקה בפעולת לחץ אטמוספרי על פני הבריכה. הנוזל נשאב ברציפות מבריכת הנוזלים וזורם ברציפות החוצה מצינור הפריקה.