יש לבחור נכון את הבחירה של המשאבה הצוללת בהתאם למאפייני תנאי העבודה, וזרימה, ראש, שיטת התקנה וכן הלאה נחשבים בעיקר בבחירה. רק כאשר הראש שנבחר קרוב לראש הנדרש בפועל, יכולה המשאבה הצוללת לפעול ביעילות גבוהה וחיסכון באנרגיה. לבחירה לא נכונה תהיה השפעה רבה על פעולת המשאבה הצוללת.
באופן כללי, סביבת השימוש במשאבות טבולות עמוקות צריכה לעמוד בדרישות הבאות:
1. ספק כוח תלת פאזי עם תדר הספק של 50 הרץ ומתח מדורג של ± 5%;
2. התוכן המוצק (לפי המסה) אינו עולה על 0.01%;
3. כניסת המים של המשאבה הצוללת חייבת להיות מתחת למפלס המים lm, אך עומק הצלילה לא יעלה על 70 מטר מתחת למפלס המים הסטטי, וקצה התחתון של המשאבה חייב להיות לפחות lm מתחתית הבאר;
4. נדרש כי הבאר תהיה אנכית, דופן הבאר צריכה להיות חלקה, ואין למוטט את צינורות הבאר.